歴史学者にして冒険家のベン・ゲイツの元に、ウィルキンソンと名乗る紳士が現れた。
彼はリンカーン大統領を暗殺した人物の日記の一部を持っていると言うが、そこにはベンの祖先トーマス・ゲイツの名が記されていた。
衝撃的な新事実はマスコミに知られ、ゲイツ一族には「リンカーン大統領暗殺者の子孫」という汚名が着せられてしまう。
ベンは祖先の無実を証明するため、天才ハッカーのライリーと再びタッグを組む。そして、破局寸前の恋人アビゲイル・チェイスを口説き落とし、暗号解読の専門家で父親のパトリックの協力を得て、日記に秘められた謎の鍵を入手する。
リンカーン暗殺者の日記から消えた18ページ。そこには世界史を変える「禁断の暗号」が隠されていた……。
最初の鍵は「自由の女神」。ベン・ゲイツはパリにある自由の女神に狙いを定め、フランスへ飛ぶ。アビゲイルも同じ結論に達していたが、一族の名誉のために奔走(ほんそう)するベンに失望した彼女は、独自で真実を突き止めようと決意していた。
別々の行動をしながらも、導き出した答えは同じ。次なる鍵は「バッキンガム宮殿」だった。女王の書斎に忍び込むため、手を組むベンとアビゲイル。そこで発見した古い木片には、また新たな謎が隠されていた。
宮殿を後にするベンたちの前に、ウィルキンソンの一味が立ちふさがる。何とか逃げ切れたものの、木片の謎を解くには専門家の力が必要だった。ベンは母親で言語学教授のエミリー・アップルトン博士(ヘレン・ミレン)を訪ねることに……。
エミリーが暗号を解読した結果、それは幻の黄金都市への地図の半分であることが判明する。
残りの半分があるのは、アメリカ大統領執務室! ホワイトハウスに潜入したベンたちだったが、肝心の地図はヤスリで消されていた。
そこに押された“逆向きの鷲”の印を見て、陰謀論マニアのライリーは色めき立つ。「大統領秘密文書」に違いないというのだ。
ベンはFBI捜査官にしてフリーメイソンのメンバー、セダスキーに疑問をぶつける。そしてついに彼は、現役大統領ただ1人しか在りかを知り得ない秘密文書の存在を認めた。
それは、合衆国にとって究極のタブーである。八方ふさがりのベンが取った手段は、何とアメリカ大統領の誘拐だった……!
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